Swift publikuje metodę przygotowywania bibliotek metylacji pojedynczych komórek o najwyższej przepustowości

Ann Arbor, Michigan, 11 sierpnia 2017 r. /PRNewswire/ - Firma Swift Biosciences, wiodący dostawca innowacyjnych rozwiązań przygotowywania bibliotek na potrzeby sekwencjonowania nowej generacji (NGS), opublikowała dziś nową metodę metylacji pojedynczych komórek na bazie technologii Accel-NGS® Adaptase™, która zapewnia wydajny i solidny sposób przygotowywania do NGS w sekwencjonowaniu całego genomu po reakcji z wodosiarczynem. Nowa metoda umożliwia wydajną analizę metylowanych obszarów w tysiącach komórek tkanek heterogenicznych przy jednoczesnym ułatwieniu zastosowania na przykład w klasyfikacji komórek, regulacji mechanizmów komórkowych w zdrowych tkankach, zmianach epigenetycznych stanów chorobowych oraz ewolucyjną konserwację regulacji epigenomowej.

Metylacja pozwala na stabilne bio-oznaczanie, które może być wykorzystywane w identyfikacji typów komórek oraz elementów regulujących podstawowe czynności komórki. W połączeniu z badaniami nad ekspresją RNA w komórkach jednokomórkowych metylacja pojedynczych komórek umożliwia unaocznienie elementów regulacyjnych, co z kolei pozwala na kontrolowanie profilów ekspresji poszczególnych komórek oraz wskazuje na różnice między komórkami. Ponadto niedawne badania kliniczne przyczyniły się do wykrycia wzorców metylacji obecnych w stanach chorobowych, na przykład przy występowaniu raka, które pozwalają na identyfikację typu guza, ocenę guza w płynnych biopsjach oraz korelację postępów choroby, prognozy oraz reakcji na leki.

Nowa metoda została niedawno opisana na łamach magazynu "Science" w artykule pod tytułem "Single Cell Methylomes Identify Neuronal Subtypes and Regulatory Elements in Mammalian Cortex" opublikowanym przy współpracy naukowców z Salk Institute, Uniwersytetu Kalifornijskiego w San Diego i firmy Swift Biosciences. Przepływ pracy obejmuje izolację komórek w oparciu o sortowanie na bazie fluorescencji, konwersję wodosiarczynów oraz wykorzystanie modułu Accel-NGS Adaptase firmy Swift wraz z innymi dostępnymi na rynku komponentami. Opublikowane wyniki wskazują na ponad dwukrotnie częstsze pomyślne odczytywanie mapowań w porównaniu do innych metod oraz znaczne zwiększenie poziomu danych wyjściowych w sekwencjonowaniu, co z kolei prowadzi do zmniejszenia całkowitego kosztu procesu.

"Nowe rozwiązanie jest jednym z wielu przykładów współpracy badawczej, w ramach której firma Swift Technologies poszerza granice nauki - skomentował Timothy Harkins, prezes i główny dyrektor wykonawczy w firmie Swift Biosciences oraz współautor publikacji. - Bardzo cieszymy się z pozyskania nowych informacji na temat podstawowych procesów komórkowych oraz wyglądamy przyszłego, istotnego wpływu odkryć na medycynę precyzyjną" - dodał dyrektor.

"Nasze własne rozwiązanie technologiczne Adaptase pozwala na tworzenie złożonych bibliotek NGS z niskonakładowych, pojedynczych nici DNA - skomentowała dr Laurie Kurihara, dyrektor wyższego szczebla w zakresie badań i rozwoju oraz współautorka publikacji. - Jednokomórkowy przepływ pracy obejmuje mniejszą liczbę kroków niż inne metody i zapewnia multipleksowane przetwarzanie pojedynczych komórek zapewniające większą wydajność w zastosowaniach wymagających wysokiej przepustowości" - dodała dyrektor.

Moduł Accel-NGS Adaptase jest dostępny na rynku.

Źródło: Swift Biosciences